วัดมเหยงคณ์ ตั้งอยู่นอกเกาะเมืองด้านทิศตะวันออก วัดนี้มีกล่าวถึงอยู่ในพงศาวดารหลายฉบับ และมีความเกี่ยวข้องกับพระมหากษัตริย์อยุธยาหลายรัชกาล เช่น พระราชพงศาวดารกรุงเก่า ฉบับหลวงประเสริฐอักษรนิติ์ และพระราชพงศาวดารกรุงเก่า ฉบับหลวงประเสริฐ กล่าวว่าสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 (เจ้าสามพระยา) โปรดให้สร้างวัดนี้ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 1981 และสันนิษฐานว่าสร้างพระราชทานแก่พระมเหสีพระองค์หนึ่งซึ่งมีเชื้อสายราชวงศ์สุโขทัย
